OpenMPをgccで。

去年はOpenMPを使用するためにインテルコンパイラを使用していたがgccでもバージョン4.1から非公式に対応、4.2より正式に対応となったため、4.1.1で実験してみたところ問題なく並列化できた。
そもそも、インテルコンパイラを使えなくなったわけではない。インテルコンパイラ自体は非常に優秀で、異常なほど実行ファイル作成までにチューニングされる。だからこそ動作が速いしなるべくならインテルコンパイラを使いたいところであった。。
しかし、実験に使っているCondorを用いてOpenMPということを考えるとCondorはicc対応していないため必然的にgccにしなければならなかった。
といいながらも-fopenmpオプションをつけるとCondor_compileできない・・うーん。どうしたものか。

OpenMP

卒業研究でだいぶお世話になったOpenMPだが、
Condorでは導入できないんですか？と後輩に聞かれちょっと面白そうかと思った。
ただ、お互いの機能を考えると難しいのではないかとも思われる。色々実験してみる価値はあるかもしれないのでちょっと労力を費やしてみようかと思う。

Condorだが、クラスタ計算機外のPCを計算資源として使うときにどうすればいいかはよく分かっていない。マニュアルを読むしかないか・・。
/etc/hostsには記入しないとダメなのかな。

改めて書いてみると分かるが結局のところなにも分かってない・・。

Condor導入

実際にCondorのインストール方法は分かってしまえば難しいものではない。
ネットで検索すれば事細かくやり方を書いてあるHPもある。
central managerをどのPCにするかを決め最初はそのPCでインストールすればよいであろう。

具体的にはadduserでcondorユーザーを作成する。
condor_installを実行する。
condor_init、condor_masterを順に実行すれば普通に動くはずである。

自分が何回かやった中でのエラーは
1,condor_init実行時のエラーと
2,condor_masterまで実行した後
ps -ef egrep condor_などで動作の確認を行ったときにcentral managerでは起動するはずの、
collectorとnegotiatorが起動しない

の2点であった。
1の場合はNFSでファイル共有しているからcondorユーザーが他のマシンにも作られているという勘違い（/home/condorは存在するのだが・・）からできなかったパターン。全PCでadduserをしてやったことで解決。

2の場合はどうもデフォルトでは/etc/hostsが引けていない？らしくconfigファイルのその部分を修正してやることによって解決した。具体的には
## Where is the machine-specific local config file for each host?
LOCAL_CONFIG_FILE = $(LOCAL_DIR)/condor_config.local
#LOCAL_CONFIG_FILE = $(RELEASE_DIR)/etc/$(HOSTNAME).local

のコメントアウトを逆にするだけであった。

一時的とはいえこんな基本事項で躓くとは。まだまだ勉強せねばならないなぁ。と実感。

Condor

うちの研究室でもCondorの導入を進めようと試みているが、Condorチームによって正式に動作確認されているのはFedoraCore5までで6,7は実際にやってみなければ分からない。
実際にやっている人は多いのであろうが調べてみてもそれほど多くの情報が手に入らない。
これは意外に何事もなく動いているからなのであろうか？

はじめました

とりあえずはじめてみました。
普段のあれこれを綴ってみようかとおもいます。