作業

近い将来の最適化問題に対するOnline Solverにむけて、SDPA Online Solverで使用しているデータをとりあえずコピーして使えるものは流用しようと考えている。
実際にはコピーして使えるもの、使えないものに分けられる。

使えないものの代表例はMySQLのデータベースである。こちらもコピーすれば使えるのであろうがユーザーのデータ管理もあるので面倒であるが、同じ構造になるようにデータベースを作りなおしておくのが良いと思われる。

apacheの設定ファイルhttpd.confもほぼそのまま使えるが、モジュールの問題などもあるので注意が必要。
読み込みすぎ→一つずつ減らして検証していくのが漏れがなく確実であろう。

なんにせよapacheが起動しないとブラウザで確認できないのでそれが一番最初である。そしてPostfixはapacheのconfigureの前にやっておいたほうが良い。
PHPはあまり触ったことがないだけに実行してみないと結果が分からないところが非常に怖い・・。

変数の交換

研究とはあまり関係ないが、TAをしている授業で先生が
以下のようにtmpを用いなければ変数の値を交換することは「絶対に」できない、とのこと。
tmp =a;
a = b;
b = tmp;

そんなわけでできないといわれると悔しいので

a ^= b;
b ^= a;
a ^= b;

とXORを取ることで交換できるので絶対ではない。
一説によると後者の方が早いらしいが、どのくらい差があるか等は不明だ・・。
あとint型でしか使えないと思いますが。

発表

先週のRも無事かどうかはさておきとりあえずひと段落して今日は別の授業の発表でした。
ほとんどの資料はこれまた別の授業で使った動的計画法のスライドを使っているのでそこまで大変な準備ではなかったが、基本的な内容ということで色々とほかの受講生も復習になったとのことでよかった。
さて、あとは別の授業の輪読が残ってるくらいで研究の方に戻れそうだ。
まずはPHP＋MySQLの基本からスタート。

R続き。

Rを初めて数日だが、課題までは程遠い。
理論の方は少し話し合ってなんとかなりそうなので、あとはRと格闘すればいいかな。

Rを早く終わらせて研究の関係でMySQLの方に移りたい。SQLは去年少し触ってるが一からやり直せばまた理解も深まるであろう。

なんにせよRはやりたくてもやりたくなくても明日にはとりあえず終わることになる。

Rはじめました

課題でRを使わなければならないので色々やってみました。
プロットとかが簡単にできるしCの組み込み関数にもできるようなのでその辺は使えるかも知れない。

とはいっても課題が終わってしまったら人生で２度と使うことはないかもしれない・・。
何が起こるか分からないのでやっておいて損はないだろうけど。

動的計画法

授業で動的計画法のプレゼンをしなければならないので、プログラムを作った。
分枝限定法に比べればプログラムも難しくなく比較的簡単に導入できる。
作ったのは0-1ナップサック問題の解を求めるプログラム。

教育実習のときやこういう作業をしてると毎週授業する大変さがわかる・・。

とりあえず変更完了。

ATLASを使用していた部分を他のブラスにも変えられるように変更していたものが完了。
とはいえ動作確認しているBLASは一つだけだが。

最後のエラーは悲しいことに".f"のファイルがコンパイルされていないという情けなすぎるエラー。
autoconfを使うときは気をつけましょう。

mpichのバグ

どうやら先日のmpichの問題はバグらしいことがわかった。
コンパイル時に
-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK
オプションをつければ回避できる。
もしくは何よりも早く"mpi.h"をincludeしてやればよい。

下は先日のエラー。って先日の文章がなぜかそこまで書いてなかった・・。
/usr/local/mpich2/include/mpicxx.h:26:2: error: #error "SEEK_SET is #defined but must not be for the C++ binding of MPI"/usr/local/mpich2/include/mpicxx.h:30:2: error: #error "SEEK_CUR is #defined but must not be for the C++ binding of MPI"/usr/local/mpich2/include/mpicxx.h:35:2: error: #error "SEEK_END is #defined but must not be for the C++ binding of MPI"

あとひとつ・・。

configureもとりあえず完成し、あとはmakeが通れば終わりなんだが・・・。

undefined reference to `rpdpotrf_'

というエラーのみが残る。こいつが存在するところをコメントアウトすればコンパイルは通るのでこいつが最後のエラーだと思う。

とはいえ、makefile.inの修正が残っているから最後の一つということではないが大きなエラーはそんなところだろう。makefileの方はすぐ直るだろうしあとちょっと・・・。

コードの変更

コードの変更も終わって、あとはコンパイルが通ればおそらく完成だと思われる。
しかし、この状態からどうも進まない。

それとあとはライブラリをくっつける順番を間違えないようにせねば。
最終的にはconfig.xxxxに書き込むことになるが。

以下はエラーの出力の一部。
なんかmpicxxでコンパイルするとエスケープシーケンスがおかしいんだよなぁ・・。
g++ならコレでいいと思うが。

if mpicxx -DPACKAGE_NAME=\"\" -DPACKAGE_TARNAME=\"\" -DPACKAGE_VERSION=\"\" -DPACKAGE_STRING=\"\" -DPACKAGE_BUGREPORT=\"\" -DPACKAGE=\"sdpara\" -DVERSION=\"1.0.1\" -DF77_FUNC\(name,NAME\)=name\ ##\ _ -DF77_FUNC_\(name,NAME\)=name\ ##\ _ -I. -I. -I -I -funroll-all-loops -msse3 -mfpmath=sse -I/home/sasajima/sdpara10/include -D_REENTRANT -MT rsdpa-rsdpa_algebra.o -MD -MP -MF ".deps/rsdpa-rsdpa_algebra.Tpo" -c -o rsdpa-rsdpa_algebra.o `test -f 'rsdpa_algebra.cpp' echo './'`rsdpa_algebra.cpp; \ then mv -f ".deps/rsdpa-rsdpa_algebra.Tpo" ".deps/rsdpa-rsdpa_algebra.Po"; else rm -f ".deps/rsdpa-rsdpa_algebra.Tpo"; exit 1; fi